Le FNRS organise les procédures d’évaluation qui lui permettent d’identifier les meilleures demandes parmi celles qu’il reçoit, en fonction des critères établis pour chaque type d’instrument de financement. 

Cette procédure se déroule généralement en deux étapes : dans un premier temps, des évaluations à distance par des experts internationaux (sauf pour les instruments de niveau doctoral), toujours plus nombreux, qui remettent des avis via la plateforme web e-space du FNRS ; ensuite les travaux des Commissions scientfiques (CS) ou Jurys qui se réunissent pour discuter des propositions reçues et des évaluations à distance collectées afin d’établir un classement consolidé. 

Ces Commissions sont composées chacune de 9 membres issus d’institutions situées hors Fédération Wallonie-Bruxelles (dont le président) et de 6 membres de la FWB. 

Ces membres sont des scientifiques de renom sélectionnés notamment pour l’excellence de leurs travaux de recherche. Les Commissions procèdent ensuite à un classement. Même très bien classé, un chercheur ou un projet ne pourra être financé que si les fonds nécessaires sont disponibles. Ainsi, les taux de financement, quel que soit l’instrument, varient en général de 10 à 60%, alors que la proportion de propositions jugées au minimum très bonnes par les Commissions scientifiques avoisine parfois les 80%. 

La sélection des doctorants FRIA et FRESH s’appuie respectivement sur maximum 38 Jurys FRIA et 2 Jurys FRESH. Chaque Jury FRIA est typiquement composé de 6 à 8 membres académiques et un membre d’une institution non universitaire issu du secteur de l’industrie ou de la recherche. Pour les Jurys FRESH, il s’agit de 9 représentants académiques et 3 de la société civile.